DPP LDII memiliki 10 (sepuluh) Departemen, yaitu:
a. Departemen Organisasi, Keanggotaan, dan Kaderisasi (OKK);
b. Departemen Hubungan antar Lembaga dan Hubungan Luar Negeri;
c. Departemen Komunikasi, Informasi dan Media
d. Departemen Pendidikan Agama dan Dakwah;
e. Departemen Pendidikan Umum dan Pelatihan;
f. Departemen IPTEK, Lingkungan Hidup, dan Kajian Strategis;
g. Departemen Ekonomi dan Pemberdayaan Masyarakat;
h. Departemen Pemuda, Olah raga, dan Seni Budaya;
i. Departemen Bantuan Hukum dan Hak Azasi Manusia;
k. Departemen Pemberdayaan Wanita, dan Kesejahteraan Keluarga.